Никольский храм имеет богатую историю. По легенде, на месте Никольского храма располагалась палатка императора Петра Первого, когда он прибыл на Таганий Рог выбирать место для нового военно-морского порта и крепости.

Здесь была одна из первых военно-морских баз России, которая стала основой Азовской военной флотилии. Построил храм главнокомандующий Азовской флотилией и Таганрогским портом контр-адмирал Федор Клокачев в 1778 году.

Храм получил статус соборной церкви Азовской флотилии. В 1803 году после окончательного перевода базы флотилии в Севастополь, туда же был вывезен колокол, ныне находящийся на мысе Херсонес в Севастополе, теперь его точная копия находится во дворе нашего храма.

Во время Крымской войны 1855-1856 годов Таганрог подвергся артиллерийскому обстрелу, о чем свидетельствуют ядра, застрявшие в южной стене Никольского храма.

С историей Никольского храма неразрывно связаны жизни многих выдающихся сынов нашего Отечества. В хоре Никольского храма, вместе с отцом и братьями, в детские годы пел А.П. Чехов. Но, пожалуй, самым удивительным прихожанином храма был святой праведный Павел Таганрогский.

Летом 1999 года в Никольский храм были перенесены мощи святого праведного Павла Таганрогского – единственного пока святого подвижника Юга России, чьи мощи находятся на нашей земле. Тогда произошло чудесное знамение в виде гало вокруг солнца.

Почитается в народе и послушница праведного Павла старица Мария Величко, она похоронена рядом с могилой святого в часовне на Старом кладбище.

Там же расположен и храм Всех святых – место где отпевали праведного Павла, храм постройки 1810 года имеет уникальный мозаичный иконостас и подземную крипту.